Pirkanmaan hyvinvointialueen sairaala-apteekki kilpailuttaa julkisen terveydenhuollon laitoksissa käytettävät lääkkeet pääsääntöisesti kahden vuoden välein Sisä-Suomen yhteistyöalueen laajuisena yhteishankintana. Yhteishankintaan osallistuvat Pirkanmaan hyvinvointialueen lisäksi Etelä-Pohjanmaan ja Kanta-Hämeen hyvinvointialueet. Lääkevalintojen päätöstentekoon osallistuvat sairaala-apteekin hankintahenkilöiden lisäksi useita kymmeniä lääkehankintojen asiantuntijaryhmiin nimettyä asiantuntijaa, jotka ovat pääsääntöisesti lääkäreitä.
Hankintaan valituista valmisteista muodostetaan kilpailutuksen yhteydessä peruslääkevalikoima, jonka tarkoituksena on edistää tehokkaan ja turvallisen lääkehoidon toteuttamista sekä yhtenäistää ja ohjata hyvinvointialueen lääkekäyttöä.
Sairaala-apteekki ostaa lääkkeet pääosin kotimaassa toimivista lääketukkukaupoista, lääketehtaista ja apteekeista, mutta osan käytössä olevista lääkkeistä sairaala-apteekki maahantuo tai valmistaa itse.